W roku 2007 Moffat napisał scenariusz i wyprodukował Jekylla, współczesną luźną adaptację powieści Roberta Louisa Stevensona Doktor Jekyll i pan Hyde.
Moffat, który deklaruje się jako wieloletni fan serialu Doktor Who, rozpoczął współpracę z jego twórcami od publikacji opowiadań osadzonych w świecie serii. W roku 1997 napisał scenariusz parodystycznego filmu Doctor Who and the Curse of Fatal Death, w którym zagrali między innymi Rowan Atkinson, Richard E. Grant, Jim Broadbent, Hugh Grant, Joanna Lumley, Julia Sawahla i Jonathan Pryce. Stała obecność Moffata w serialu rozpoczęła się wraz ze wznowieniem jego produkcji, czyli w roku 2005, kiedy napisał on scenariusz do dwuodcinkowej historii Puste dziecko / Doktor tańczy, a następnie jeszcze do kilku innych odcinków. Od roku 2010 pełni również funkcję producenta serialu. Za swoje scenariusze Moffat wielokrotnie nominowany był zarówno do nagród telewizyjnych (Emmy), jak i tych związanych z fantastyką (Hugo oraz Nebula).
Jednocześnie w 2010 roku Moffat, wraz z Markiem Gatissem rozpoczęli prace nad serialem Sherlock – uwspółcześnioną wersją historii Sherlocka Holmesa.