W nadmorskim polu wydmowym Alexandria buduje bardziej złożone, rozgałęzione nory, z wejściem ukrytym wśród roślinności, nigdy nie zasypanym piaskiem. Gniazdo zbudowane jest z pociętych części roślin.
Myszoskoczniki malutkie żywią się wszelkim pokarmem roślinnym i zwierzęcym, jaki uda im się znaleźć; w komorach spichrzowych gromadzą zapasy nasion, liści, a także owadów. Zjadanie przez te ssaki nasion i zielonych części roślin może negatywnie wpływać na rozwój flory, ale efekt ten jest lokalny i przejściowy.
Nocny tryb życia i nory pozwalają tym gryzoniom unikać dużych temperatur i zbyt niskiej wilgotności. Przy temperaturze otoczenia od 5 do 30 °C myszoskocznik malutki potrafi utrzymać stabilną temperaturę ciała w granicach 36–39 °C; jeśli temperatura otoczenia utrzymuje się powyżej 35 °C przez ponad godzinę, zwierzątko ginie.
Populacje tego gatunku żyjące w różnych obszarach, dawniej klasyfikowane jako podgatunki, różnią się zachowaniem, co ma związek z warunkami życia. Myszoskoczniki z pustyń, kopiące proste nory, są bardziej agresywne i gorzej tolerują towarzystwo innych osobników swojego gatunku.