Do najważniejszych prac Marka Bernackiego należąDane na podstawie katalogu Biblioteki Narodowej w Warszawie, stan na 30 XII 2012 roku.: Słownik gatunków literackich, Bielsko-Biała 1999 (współautor Marta Pawlus). Człowiek w sytuacjach skrajnych, Warszawa 2002. Człowiek wobec tajemnicy zła, Warszawa 2002. Literatura wobec totalitaryzmu, Warszawa 2002. Polska „święta” i „przeklęta”, Warszawa 2002. Epopeje, Warszawa 2002. Jak analizować wiersze poetów współczesnych, Warszawa 2002. Leksykon powieści polskich XX wieku, Bielsko-Biała 2002 (współautor Mirosław Dąbrowski) „Wyprowadził mnie z Ziemi Ulro”. Szkice o twórczości Czesława Miłosza, Bielsko-Biała 2005. „We mnie jest płomień który myśli” – glosy do Herberta (w 10. rocznicę śmierci Poety), Bielsko-Biała 2009 (redaktor pracy zbiorowej) Szlakiem drewnianych świątyń na Podbeskidziu, Bielsko-Biała 2009. Hermeneutyka fenomenu istnienia. Studia o polskiej literaturze współczesnej (Vincenz, Miłosz, Wojtyła, Herbert, Szymborska), Bielsko-Biała 2010. Glosy do Miłosza. Artykuły i szkice krytycznoliterackie (2004-2011), Bielsko-Biała 2012. Świat interpretować – konieczne zadanie. Studia o literaturze polskiej przełomu XX i XXI wieku, Bielsko-Biała 2014. Czytanie miasta. Bielsko-Biała jako kulturowy palimpsest, pod red. M.