Kariera trenerska Jeszcze pod koniec swojej kariery piłkarskiej Reyes rozpoczął pracę w roli szkoleniowca, trenując drużyny, w których występował: San Luis FC oraz Tigres UANL. Później trenował inne kluby z niższych lig meksykańskich: Atletas Campesinos, Cuerudos de Victoria i Serranos de Teziutlán. Jako pierwszy trener nie potrafił jednak nawiązać do sukcesów odnoszonych w roli piłkarza. Aż do swojej śmierci przez kilkadziesiąt lat był zatrudniony w swoim macierzystym zespole Chivas de Guadalajara, pracując w akademii juniorskiej głównie jako trener, poszukiwacz talentów i doradca. Działał również w strukturach drużyny satelickiej klubu, amerykańskiego CD Chivas USA, występującego w rozgrywkach Major League Soccer.
Życie prywatne Był żonaty z Evelią de la Peña, z którą miał trójkę dzieci: córki Lorenę i Evelię oraz syna Salvadora, który również był piłkarzem, a później trenerem piłkarskim.
Zmarł w wieku 76 lat, 29 grudnia 2012 w Guadalajarze, na raka jelita grubego.