Po wybuchu II wojny światowej został aresztowany w Łobzowie przez NKWD 21 albo 22 września 1939 roku. Był więziony w Słonimiu i Mińsku, torturowany i skazany na śmierć. 22 czerwca 1941 roku po wybuchu wojny radziecko-niemieckiej więzienie ewakuowano w głąb Rosji. Został rozstrzelany 26 czerwca 1941 roku wraz z grupą więźniów w czasie ewakuacji przez konwojenta na skraju Czerwienia.
Miejsce spoczynku jest nieznane, symboliczna tablica znajduje się na grobie rodziny Giedroyciów na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 25-3-3).
10 września 1919 roku ożenił się w Wilnie z Anną Dunin-Szostakowską h. Łabędź (1894–1976), która podczas II wojny światowej została zesłana z dziećmi do zachodniej Syberii (1940–1942), zmarła w Wielkiej Brytanii. Mieli troje dzieci: Annę Marię Kazimierę (ur. 1920), późniejszą Perepeczko, Teresę Ludwikę (1922–1973), późniejszą Lickindorf i Michała Jana Henryka (1929–2017), autora książki „Na krawędzi krateru”.
Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości (3 maja 1932) „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” - jako Tadeusz Geydrojć. Krzyż Walecznych (1921) Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości
Upamiętnienie Jego nazwisko znajduje się na tablicy w Senacie upamiętniającej senatorów, którzy zginęli w czasie II wojny światowej.
Uwagi