W wojnę zaangażowały się wszystkie wielkie rody shugo-daimyō, związane z rządem siogunatu.
Yoshimasa trzymał na uboczu konfliktu, budując wspaniały pałac dla swojej matki i piękną willę dla siebie. Abdykował w 1473 roku na rzecz swego syna, który w odróżnieniu od ojca żywił pewne zapędy wojenne, lecz w czasie trwania walk był jeszcze dzieckiem. Konflikt wygasł samoistnie ok. 1477 roku na skutek wyczerpania obu stron. Stolica – Kioto – została w większości spustoszona. Armie powróciły do rodzimych prowincji, ale lokalne walki wciąż jeszcze wybuchały. Powróciwszy do swych prowincji, panowie shugo zorientowali się, że ich władza ma silną oddolną konkurencję w postaci lordów sengoku. Pozbawieni poparcia ze strony stolicy wielcy panowie musieli się szybko dostosować lub tracili władzę na rzecz byłych podwładnych. Odtąd to nie stolica decydowała o losie prowincji, lecz układ sił na prowincji decydował o tym, co działo się w Kioto.
W 1489 roku, dwanaście lat po zakończeniu wojny Ōnin, Yoshihisa Ashikaga zginął w potyczce i jego ojciec pogodził się z bratem.