Wszystkie lokomotywy zostały zmodernizowane w ZNTKiM Gdańsk oraz ZNTK Oleśnica.thumb|Po modernizacji jako EP07-1064 w sąsiedztwie EU200-014 Od połowy 2011 roku część lokomotyw typu 4E (do numeru inwentarzowego EU07-244) została wyróżniona przez PKP Polskie Linie Kolejowe jako seria EU07E, dla odróżnienia lokomotyw o nacisku osi poniżej 20 ton (nadających się do eksploatacji na liniach klasy C). Część lokomotyw otrzymała następnie dodatkowe oznaczenie literą E po numerzePaweł Terczyński, „E” jak… 20 ton, „Świat Kolei” nr 1/2012, s. 4..
Część lokomotyw jest eksploatowana poza grupą PKP. W 1999 roku Przedsiębiorstwo Materiałów Podsadzkowych Przemysłu Węglowego, oddział w Zabrzu za pośrednictwem ZNTK Lubań Śląski kupiło wycofaną lokomotywę EU07-125. Otrzymała ona oznaczenie serii 4E i numer 4E-004. W 2011 roku eksploatowana była przez DB Schenker Rail PolskaJ. Chiżyński, 4E-004 nadal w służbie, „Świat Kolei” nr 2/2011, s. 5., gdzie pracowała do 2012 roku. W 2012 roku została odkupiona przez Wiskol i przeszła naprawę piątego poziomu utrzymania w ZNTKiM Gdańsk. W 2011 roku spółka PHU Lokomotiv odkupiła od PKP Intercity 5 lokomotyw i używała je do ruchu towarowegoJ. Chiżyński, EU07 z PHU Lokomotiv, „Świat Kolei” nr 2/2012, s.