171.. Jednak, według znacznej części rosyjskich oficerów, jak i dość zgodnej opinii historyków, nazbyt ostrożna taktyka rosyjskiego głównodowodzącego pozwoliła Szwedom na ocalenie znacznej części swojej floty i przejęcie inicjatywy w działaniach na morzu, co doprowadziło do porażki księcia von Nassau-Siegen w II bitwie na wodach SvensksunduSkrickij, s. 171–172..
Do 1796 roku pozostawał na stanowisku dowodzącego Flotą Bałtycką, uczestniczył również w pracach czteroosobowej komisji opracowującej plany rozbudowy Floty Czarnomorskiej. Po objęciu tronu przez Pawła I nastąpiła reorganizacja Floty Bałtyckiej i jej podział na trzy samodzielne dywizje. Cziczagow objął na krótko dowództwo jednej z nich, a następnie został skierowany do Rewla, gdzie miał utworzyć kursy dla wyższych oficerów marynarki. W kampanii 1797 roku głównodowodzącym flotą był sam cesarz, który osobistym rozkazem z przeniósł Cziczagowa w stan spoczynkuSkrickij, s. 174–175.. Oficjalnym powodem zwolnienia ze służby był zły stan zdrowia admirała, bardziej prawdopodobnym jednak konflikt, w jaki popadł z młodszymi admirałami rosyjskimi, protegowanymi Pawła I i niełaska cesarska – dowodem na to miało być zwolnienie z floty także dwóch synów admirałaSkrickij, s. 175–176..