W tym okresie Południe popierało przyjęcie Północy do instytucji międzynarodowych.

Kryzysy Pomimo prób ocieplenia stosunków, Korea Północna dopuszczała się nadal prowokacji, m.in. na wodach południowokoreańskich odkryto północnokoreański szpiegowski okręt podwodny (1998), doszło też do starcia jednostek morskich okrętów obu państw na spornych wodach (1999). Po objęciu w Stanach Zjednoczonych rządów przez George’a Busha i ogłoszeniu przez niego rewizji polityki względem Korei Północnej doszło też do pogorszenie stosunków między obiema Koreami, m.in. zaczęły występować przerwy w kontaktach dyplomatycznych, a w połowie 2002 roku miało miejsce poważne starcie okrętów obu Korei. Pomimo problemów starano się utrzymać dobre stosunki, kontynuując dotychczasowe inicjatywy. Dotychczasową politykę względem Północy kontynuował także po 2002 roku nowy prezydent Południa, Roh Moo-hyun.