W 1802 świątynia została wyremontowana. W 1838 liczbę uczęszczających do niej wiernych oszacowano na 552 osoby, przy czym jedynie 425 uznano za realnie praktykujących (odbyli spowiedź i przystąpili do Eucharystii w okresie Wielkiego Postu).

W latach 30. XIX w. wileński konsystorz metropolitalny przystąpił do usuwania ze świątyń unickich elementów pochodzenia łacińskiego, które upowszechniły się w świątyniach unickich po synodzie zamojskim. Zastępowano je utensyliami typowymi dla liturgii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, przygotowując tym samym konwersję duchowieństwa i wiernych na prawosławie. W Czarnej Cerkiewnej akcja ta nie została przeprowadzona w pełni. W 1834 cerkiew uznano za jedną z najuboższych w dekanacie drohiczyńskim. W 1835 władze diecezjalne przekazały dla niej jeden molebnik druku synodalnego (odnotowano także, że na wyposażeniu budynku pozostawał już jeden starszy cerkiewnosłowiański molebnik). Rok później do budynku wstawiono prawosławny ołtarz – święty stół (cs. prestoł) oraz stół ofiarny (cs. żertwiennik). Do 1837 w świątyni umieszczono również drewnianą konstrukcję ikonostasu, jednak z powodu braku wsparcia finansowego ze strony hr. Ossolińskiego, ktitoraKtitorem w tradycji prawosławnej nazywa się osobę fundatora świątyni (lub opłacającego jej remont i upiększenie).