25 lipca 1944 r. powrócił do Mińska Mazowieckiego, pod komendę por. Ludwika Wolańskiego „Lubicza”. W czasie akcji zbrojnej „Burza”, jako podporucznik, dowodził plutonem dywersyjnym. Walczył w 1. szwadronie 7. Pułku Ułanów, który od 1943 r. nosił kryptonim „Jeleń”. Pierwszym zadaniem była udana akcja wysadzenia torów kolejowych na linii Mińsk Mazowiecki - Dębe Wielkie. Później działali na tyłach wycofujących się pod naporem Armii Czerwonej wojsk niemieckich.
Jan Sikora został aresztowany przez kontrwywiad sowiecki 28 listopada 1944 r. Bezpośrednim powodem zatrzymania były m.in. znalezione w czasie rewizji mapy z okresu nauki w Podchorążówce. W więzieniu spędził dwa tygodnie, skąd został wykupiony. Nękany przez Służbę Bezpieczeństwa, ukrywał się przez prawie rok.
20 września 1945 r. Jan Sikora wstąpił do Seminarium Duchownego na Krakowskim Przedmieściu w Warszawie. 17 grudnia 1950 r. został wyświęcony na kapłana przez księdza prymasa Stefana Wyszyńskiego. Msza święta prymicyjna odbyła się najpierw na Jasnej Górze, a potem w Latowiczu. W tym samym roku został wikariuszem w parafii w Żyrardowie. Uczył religii i był kapelanem żyrardowskiego szpitala. W 1957 r. został przeniesiony do parafii pw. Dzieciątka Jezus na warszawskim Żoliborzu. Od września 1960 r. pracował w parafii pw. św.