Kolejna porażka Bizancjum w bitwie morskiej koło Eubei spowodowała, iż tamtejszy cesarz zrezygnował z dotychczasowych planów i zawarł z Wilhelmem antyniemiecki sojusz.
Silna władza króla spowodowała, że niezadowoleni baronowie z Kalabrii nadal knuli spiski, wskutek czego w listopadzie 1160 zamordowany został królewski kanclerz Maio de Bari, a gdy rok później Wilhelm podniósł podatki, przeciwko królowi wystąpili kolejni baronowie i ludność Palermo, będącego stolicą królestwa. W marcu 1161 spiskowcy wdarli się do królewskiego pałacu, zagrabili skarbiec, spalili archiwa zawierające rejestry podatkowe oraz uwięzili Wilhelma i jego rodzinę, zabijając m.in. dziewięcioletniego syna Rogera. Niesnaski wśród spiskowców i postawa wyższego duchowieństwa, zaniepokojonego rozwojem wydarzeń, pomogły Wilhelmowi odzyskać wolność. Chcąc ostatecznie pokonać buntowników władca zapoczątkował politykę terroru, poddając swych przeciwników wymyślnym torturom i egzekucjom. Jednak bunty nadal się tliły i trwały z różnym natężeniem także po śmierci króla, który zmarł w maju 1166 roku i został pochowany w katedrze w Monreale, ufundowanej przez jego syna Wilhelma II.
thumb|left|Sarkofag Wilhelma I w katedrze w Monreale