9 września 1958 papież Pius XII mianował go ordynariuszem diecezji Charleston w Karolinie Płd. Sakrę otrzymał w rodzimej katedrze z rąk ówczesnego delegata apostolskiego w USA Amleta Cicognaniego. Jako biskup dał się poznać jako zwolennik ruchu praw obywatelskich i równości rasowej. 19 lutego 1962 roku papież Jan XXIII powierzył mu funkcję arcybiskupa nowej metropolii Atlanty (ustanowionej kilka dni wcześniej). W roku 1963 uzyskał doktorat z historii na Western Reserve University w Cleveland. W czasie soboru watykańskiego II był zwolennikiem ekumenizmu i reformy liturgicznej (szczególnie wprowadzenia języków narodowych). Zasiadał w soborowej Komisji Liturgicznej (sprawował tam funkcję przewodniczącego Podkomisji ds. Sakramentów Św.)Ralph M. Wiltgen, Ren wpada do Tybru. Historia Soboru Watykańskiego II, Dębogóra 2010, s. 79-82.. W duchu soborowego otwarcia Kościoła na laikat, powołał wielu świeckich do służby w archidiecezjalnych instytucjach. Zasiadał w zarządzie Katolickiego Uniwersytetu Ameryki, gdzie sprzeciwił się usunięciu liberalnego teologa Charlesa Currana. W trakcie drugiej sesji soborowej zachorował na zapalenie wątroby, co zaważyło na dalszym jego życiu i ostatecznie doprowadziło do przedwczesnej śmierci.