W 2021, 2022, 2023 roku toczyły się śledztwa o przestępstwa wojskowe i korupcyjne związane z tą jednostką wojskową, oskarżonych było 24 żołnierzy, w tym oficerowie i dwóch dowódców JW 4009https://polskatimes.pl/afera-korupcyjna-w-6-batalionie-dowodzenia-w-krakowie-zamieszany-pracownik-urzedu-miasta/ar/c1-15817052..
Tradycje Decyzją Nr 145/MON Ministra Obrony Narodowej z 10 czerwca 2002 ustalono patrona jednostki oraz jej święto w dniu 26 czerwca.
Struktura dowództwo i sztab kompania dowodzenia kompania dowodzenia kompania rozpoznawcza kompania saperów bateria przeciwlotnicza pluton chemiczny kompania logistyczna pluton medyczny kompania ochrony
Dowódcy W latach 1999–2024 dowódcy: ppłk mgr Zbigniew Golara (19 lutego 1999 – 28 sierpnia 2002) ppłk dypl. Maciej Koziński (28 sierpnia 2002 – 5 stycznia 2009) thumb|240px|Pododdział 6 Batalionu Dowodzenia ppłk Roman Utracki (5 stycznia 2009 – 30 marca 2011) ppłk Maciej Mazurkiewicz (30 marca 2011 – 31 marca 2015) ppłk Andrzej Smoliński (1 kwietnia 2015 – 31 stycznia 2018) ppłk Marcin Malinowski (1 lutego 2018 – 6 kwietnia 2021) cz.p.o. mjr Paweł Rokicki (6 kwietnia 2021 – 17 grudnia 2021) ppłk Paweł Żak (17 grudnia 2021 – 1 lutego 2023) cz.p.o.