Dominujące znaczenie ma krajobraz antropogeniczny, prowadzona eksploatacja węgla brunatnego, wywarła wyraźne piętno na krajobrazie.
Roślinność Obszar Doliny obejmuje wiele cennych i dobrze zachowanych typów siedlisk przyrodniczych: nizinne i podgórskie rzeki ze zbiorowiskami włosieniczników, zmiennowilgotne łąki trzęślicowe, ziołorośla górskie, ziołorośla nadrzeczne, niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie, kwaśne buczyny, żyzne buczyny, grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny, jaworzyny i lasy klonowo-lipowe na stokach i zboczach, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, olsy źródliskowe. Najcenniejsze są lasy klonowo-lipowe oraz grądy oraz starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion. Na skarpach pradoliny w przełomowym odcinku Nysy wykształciły się zbiorowiska leśne. Na obszar wzdłuż koryta Nysy Łużyckiej oraz w głąb doliny wkracza gatunków inwazyjnych głównie rdestowiec ostrokończysty i pośredni, niecierpek gruczołowaty oraz nawłoć późna, nawłoć olbrzymia, słonecznik bulwiasty], sporadycznie barszcz Sosnowskiego a od strony kompleksu borów tawuła kutnerowata.