Podatek tonażowy – podatek nakładany na niektóre dochody lub przychody osiągane przez armatorów eksploatujących morskie statki handlowe w żegludze międzynarodowej. Wysokość tego nominalnie dochodowego podatku nie zależy od bieżących zysków czy strat armatora, lecz dochód oblicza się w sposób zryczałtowany w zależności od tonażu.
Celem wprowadzenia podatku w państwach Unii Europejskiej było zwiększenie zdolności konkurencyjnej armatorów operujących statkami pod banderą państw członkowskich Unii.
Historia podatku Jako pierwszy na świecie podatek tonażowy, korzystniejszy niż ogólny podatek dochodowy, wprowadził w 1957 parlament grecki. W 1963 podatek ten został wprowadzony na Malcie i Cyprze.. W tym czasie armatorzy z państw socjalistycznych pływali wyłącznie pod banderą własną, stąd problem tanich bander ich nie dotyczył. W latach 70. XX wieku ze względu na konkurencję ze strony tanich bander kolejne państwa europejskie zaczęły interesować się tym rozwiązaniem. Korzystniejszy podatek miał skłonić do pozostania lub powrotu do bandery narodowej. Miało to spowodować z jednej strony zwiększenie liczby podatników, a z drugiej poprawę bezpieczeństwa żeglugi i marynarzy. Podczas zmian ustrojowych w Europie Środkowej i Wschodniej dotychczas państwowi armatorzy byli komercjalizowani, a następnie prywatyzowani.