Duża wilgotność i wysoki współczynnik odpływu, wynoszący 60–90% sprawia, że Alpy stanowią ważny węzeł hydrograficzny Europy. Swoje źródła mają w górach rzeki Ren, Rodan, Pad oraz dopływy Dunaju: Lech, Inn, Izara, Aniza. Rzeki płyną w głęboko wciętych dolinach. W Alpach Zachodnich dominują doliny poprzeczne, a w Alpach Wschodnich podłużne. Duże zasoby energetyczne rzek wyzyskują liczne hydroelektrownie. Jeziora w Alpach są polodowcowe. Największe jeziora u podnóża Alp po północnej stronie to: Genewskie, Bodeńskie, Czterech Kantonów, Zuryskie, a po południowej: Garda, Maggiore, Como. Jeziora Garda, Genewskie i Bodeńskie są jednocześnie najgłębszymi jeziorami Europy.
Na skutek działalności człowieka przyroda w Alpach uległa zniszczeniu. W Alpach żyją m.in: kozica, koziorożec alpejski, zając bielak, świstak, śnieżnik europejski, pomurnik, płochacz halny, pardwa mszarna, orzeł przedni, wrończyk, wieszczek, salamandra czarna. Niektóre gatunki (np. koziorożec alpejski) są bliskie wyginięcia. W celu ochrony przyrody utworzono wiele rezerwatów i parków narodowych (m.in.