W czasie bitwy pod Perryville w październiku 1862 roku Hardee dowodził lewym skrzydłem armii Bragga. Podczas grudniowej bitwy nad Stones River jego II Korpus przypuścił z zaskoczenia zmasowany atak na prawe skrzydło Armii Cumberlandu gen. Rosecransa, co było jednym z jego najlepszych manewrów, aczkolwiek bitwa została ostatecznie przegrana. Po kampanii unionistów na Tullahomę, Hardee stracił cierpliwość dla wybuchowego charakteru Bragga i na krótko przeszedł pod dowództwo gen. Josepha Johnstona. W tym właśnie czasie poznał Mary Foreman Lewis, właścicielkę plantacji w Alabamie; w styczniu 1864 roku para wzięła ślub.
Hardee wrócił do armii Bragga po bitwie nad Chickamaugą, przejmując korpus gen. Leonidasa Polka pod Chattanooga, gdzie oblegano Armię Unii. Podczas stoczonej w listopadzie 1863 roku bitwy pod Chattanoogą Korpus Hardee'ego został pobity przez wojska Unii dowodzone przez gen.-maj. George’a Thomasa, mimo że jego pozycje na wzgórzu Missionary Ridge wydawała się nie do zdobycia.