Dolina Kanału Bydgoskiego zbudowana jest z osadów wodno-lodowcowych (piaski, żwiry) przewarstwionych namułami. Warstwy te sięgają kilkunastu metrów głębokości i zalegają na zerodowanej glinie morenowej lub na osadach trzeciorzędowych. Lokalnie w osadach piaszczystych oraz na powierzchni występują osady organiczne (torfy niskie) o miąższości do kilkunastu metrów. W Lisim Ogonie prowadzi się eksploatację torfu na cele gospodarcze. W obrębie mikroregionu występuje dział wodny między dorzeczem Odry i Wisły, których łącznikiem jest Kanał Bydgoski o lustrze wody podniesionym przez śluzy.
W dolinie główną formą użytkowania ziemi są łąki. Stosunki wodne są uregulowane przez sieć rowów melioracyjnych, a woda podziemna zalega stosunkowo płytko (0,5–1,0 m). W rejonie Ślesina utworzono system stawów rybnych, z których największy nazywa się Staw Kardynalski; nad jego północnym brzegiem znajduje się wieża widokowaKlub Turystyczny z Bydgoszczy zaprasza na wspólną wyprawę rowerową. Tym razem w kierunku Ślesina. Na niepielęgnowanych łąkach występuje zjawisko sukcesji, przede wszystkim różnych gatunków wierzb oraz topoli czarnej, topoli osiki i olszy czarnej.