Beauregarda pełniącego czasowo obowiązki dowódcy po śmierci Johnstona, poległego pierwszego dnia bitwy pod Shiloh.
Piastował różne stanowiska dowódcze, od korpusu po „skrzydło armii”. Na jesieni, podczas konfederackiej inwazji stanu Kentucky prowadzonej przez Bragga i gen-maj. Edmunda Kirby’ego Smitha, Polk został nawet tymczasowo dowódcą Armii Missisipi zastępując Bragga, który udał się do Frankfortu by przewodniczyć inauguracji konfederackiego gubernatora stanu. Polk zlekceważył rozkaz Bragga, zgodnie z którym miał zaatakować skrzydło nacierających wojsk federalnych w pobliżu FrankfortuMcWhiney, ss. 230, 300–308..
W bitwie pod Perryville prawe skrzydło Polka stanowiło główną siłę uderzeniową przeciw Armii Ohio gen-maj. Don Carlosa Buella, lecz Polk nie kwapił się z atakiem na stojącą naprzeciw niewielką część armii Buella, dopóki Bragg nie przybył na plac boju. Jedna z legend wojny secesyjnej opowiada o tym, jak Polk zareagował na okrzyk podwładnego, gen-maj. Benjamina Cheathama, prowadzącego do ataku swą dywizję. Cheatham miał jakoby krzyknąć: „Zróbcie im piekło, chłopcy!” (ang. Give 'em hell, boys!), na co Polk, nie zapominając o tym, że jest także duchownym, dorzucił: „Zróbcie im to chłopcy, zróbcie im to, co mówi generał Cheatham!” (ang.