Teren ten, do 1400, stał się miejscem wojen, sporów, inwazji wojskowych oraz splądrowań oraz został dotknięty przez epidemię dżumy, która objęła całą Italię, a którą to opisał Giovanni Boccaccio w „Dekameronie”.
Historia nowożytna thumb|left|Torre Matilde W XV wieku Florencja rozciągnęła kontrolę na teren całej Toskanii. Miastu Lukka i miejscowościom do niego należącym dzięki wielkim wysiłkom finansowym udało się zachować niepodległość. Na skutek polubownego wyroku Leona X, 10 września 1513, Lukka straciła kontrolę nad portem w Montrone. Wydarzenie to zwróciło zainteresowanie Lukki na Viareggio, by uczynić w tym miejscu centrum swojej gospodarki. Poza wybudowaniem nowej kwadratowej wieży, tzw. Torre Matilde, mającej chronić port, powstały pierwsze budynki przyszłego miasta.
W wieku XVI Viareggio zamieszkiwało prawie 300 mieszkańców. Malaria i epidemie śmiertelnych chorób spowodowały, iż życie rybaków i mieszkańców stało się bardzo uciążliwe. Lukka rozpoczęła proces osuszania bagien i zachęcała swoich mieszkańców do zamieszkania w nowej osadzie. Powstały dwa kościoły i dwie małe fabryki, wokół których zaczęły pojawiać się sklepy. Port stawał się coraz bardziej aktywny, a osuszane tereny stały się uprawne.