Franz nie tylko katował i zabijał Żydów, lecz również lubował się w wymyślaniu rozmaitych „rozrywek”, które miały na celu ich upokorzenie i udręczenie. Na jego polecenie żydowski muzyk Artur Gold skomponował tzw. Hymn Treblinki. Wiosną 1943 roku zorganizował dla załogi i więźniów „koncert” oraz „zawody bokserskie”. Sam wystąpił wtedy na ringu, przy czym jego żydowski „przeciwnik” nie miał prawa odpowiedzieć na jego ciosy.
2 sierpnia 1943 roku w Treblince wybuchło powstanie więźniów. Franz nie był wtedy obecny w obozie, gdyż wraz z grupą esesmanów i strażników udał się nad Bug, aby wykąpać się w rzece (według innej wersji odwiedzał swoją kochankę w Ostrowi Mazowieckiej). W konsekwencji buntu i masowej ucieczki Franz Stangl został przeniesiony do Triestu, a Franz stanął na czele tzw. Restkommando, którego zadaniem było zatrzeć ślady po istnieniu obozu. Pod jego nadzorem żydowscy więźniowie rozebrali ogrodzenie i budynki, które przetrwały sierpniowe powstanie, oraz zasypali masowe groby. Na terenie poobozowym urządzono gospodarstwo rolne, w którym osadzono dwóch ukraińskich strażników wraz z rodzinami. 17 listopada 1943 roku Franz wraz z Willym Mentzem i Paulem Bredowem rozstrzelał w pobliskim lesie ostatnią grupę więźniów Treblinki.