Ogromna większość ofiar zginęła w wyniku masowych rozstrzeliwań, choć hitlerowcy używali także specjalnych samochodów-komór gazowych (by, jak to stwierdził oskarżony Otto Ohlendorf, zabijanie było bardziej „humanitarne” nie dla ofiar, lecz dla członków Einsatzgruppen).
W procesie tym nie zostały w ogóle osądzone zbrodnie dokonane przez Einsatzgruppen w czasie kampanii wrześniowej w Polsce. W 1939 roku na terenie okupowanej II RP działało w sumie osiem Grup Operacyjnych Policji Bezpieczeństwa, które dokonały szeregu masowych aresztowań Polaków na podstawie list proskrypcyjnych, tzw. Sonderfahndungsbuch Polen oraz przeprowadzały czystki etniczne w ramach akcji Intelligenzaktion. Zbrodnie te nie zostały uwzględnione w aktach procesowych.
Oskarżeni Ława oskarżonych miała liczyć 24 osoby, lecz jeden z oskarżonych, Otto Rasch, został wycofany z procesu z powodów zdrowotnych (miało to miejsce 5 lutego 1948, Rasch zmarł 1 listopada 1948), a kolejny, , popełnił samobójstwo w areszcie 31 lipca 1947, jeszcze przed rozpoczęciem procesu. Oskarżono więc ostatecznie 22 zbrodniarzy. SS-Gruppenführer Otto Ohlendorf (najwyższy rangą spośród oskarżonych), Heinz Jost, Erich Naumann i Rasch byli dowódcami poszczególnych Einsatzgruppen.