Musiała się wyprowadzić z daczy NKWD, otrzymała jednak od państwowego Funduszu Literatury mieszkanie w podmoskiewskim Golicynie, bezpłatne wyżywienie oraz zlecenia na tłumaczenia z języków obcych. Pomimo listów Cwietajewej do Berii, w których powoływała się na prosowiecką działalność szpiegowską męża i jego poglądy komunistyczne, mąż pozostał w więzieniu (został rozstrzelany 16 sierpnia 1941), podobnie jak córka, przebywająca w łagrach, a potem na zesłaniu do 1955. Próbowała wydać swoje wiersze, jednak uzyskały one bardzo niskie opinie recenzentów.
Z powodów finansowych musiała zamienić mieszkanie na tańsze, ale dalej mieszkała w Moskwie albo jej okolicach. Po wybuchu wojny razem z synem, jak inni literaci, została ewakuowana do Jełabugi w Tatarstanie, gdzie samotność, poczucie bezsilności, nędza oraz konflikt z synem sprawiły, że popełniła samobójstwo, wieszając się.
Została pochowana na tamtejszym cmentarzu, choć dokładne miejsce jest nieznane. W tej części cmentarza, w której znajduje się jej domniemany grób, siostra poetki, Anastazja Cwietajewa, postawiła w 1960 krzyż, a w 1970 wybudowano granitowy nagrobek. W domu, w którym mieszkała, urządzono poświęcone jej muzeum.