Choć inkwizytora generalnego mianować miała zawsze Stolica Apostolska, nie stała się ona częścią struktur inkwizycji rzymskiej, którym przewodniczyła Kongregacja Świętego Oficjum w RzymieLea, s. 42-44; Bethencourt, s. 427; Del Col, s. 245, 730; Franchina, s. 39-40, 89..
Aktywność inkwizycji sycylijskiej po roku 1738 pozostawała na bardzo niskim poziomie, a w 1746 roku dodatkowo ograniczono jej kompetencje na rzecz wicekróla. W 1780 roku oficjalnie zaproponowano zniesienie inkwizycji. Propozycja ta spotkała się z pewnym oporem społecznym, gdyż wielu Sycylijczyków należało do grona zauszników trybunału (familiares), co wiązało się z licznymi przywilejami, także podatkowymiBethencourt, s. 417.. Rok później jednak stanowisko wicekróla objął Domenico Caracciolo, zdecydowany przeciwnik dalszego utrzymywania inkwizycji, który zdołał przeforsować swoje stanowisko na dworze królewskim. 16 marca 1782 roku król Ferdynand III wydał dekret o zniesieniu inkwizycji w królestwie SycyliiDel Col, s. 730-731; Lea, s. 43-44; Bethencourt, s. 417..