Po wybuchu II wojny światowej przedostał się do Francji pieszo przez Czechy, Węgry i Włochy razem z najstarszym synem Andrzejem (okulał od wypadku konnego, którego doznał jako czteroletnie dziecko). Działał w Towarzystwie Opieki nad Polakami we Francji w Grenoble, uczestniczył we francuskim ruchu oporu. Był delegatem na Francję ministerstwa oświaty emigracyjnego rządu na uchodźstwie i opiekunem stypendystów rządowych. Był założycielem i pierwszym dyrektorem Liceum polskiego im. Cypriana Norwida w Villard-de-Lans, placówki edukacyjnej zorganizowanej we Francji w październiku 1940 jako kontynuacja liceum polskiego w Paryżu założonego rok wcześniej. W 1943 został aresztowany przez Niemców i zesłany do obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie. Po uwolnieniu powrócił do Francji, po wojnie pozostał tamże na emigracji.
Lubicz-Zaleski był żonaty z Marią ze Zdziarskich, lekarką i działaczką polskiego ruchu oporu. Jego bratem był Stefan Zaleski, ekonomista i demograf, a synami Kazimierz Piotr Zaleski, fizyk, oraz Romain Zaleski, finansista;