Prowadzone pod kierunkiem Andrzeja Waksmundzkiego fizykochemiczne badania procesów wzbogacania minerałów (np. pomiary potencjałów elektrokinetycznych i kątów zwilżania), wykonywano w celu zastosowania w praktyce. Dotyczyły m.in. procesów przetwarzania fosforytów z Annopola, emulsyjnej flotacji siarki i węgla, termodynamicznych warunków wzbogacania węgli niskoenergetycznych.
Publikacje Andrzej Waksmundzki jest autorem lub współautorem 337 prac naukowych, 53 referatów lub artykułów przeglądowych, 21 patentów, 11 wydawnictw książkowych (monografie, skrypty, podręczniki, m.in.: pierwsza publikacja naukowa – Zależność pomiędzy potencjałem dielektrycznym a stałą dysocjacji zasad organicznych (Roczniki Chemii – później Polish Journal of Chemistry – 1938), Andrzej Waksmundzki, Własności elektrokapilarne roztworów wodnych chinoliny oraz niektórych ich pochodnych w różnych koncentracjach jonów wodorowych (Annales UMCS, 1946), Tomasz Borkowski i współautorzy, red. Janina Opieńska-Blauth, Andrzej Waksmundzki, Marek Kański, Chromatografia (PWN Warszawa 1957), oprac.