Działalność w stowarzyszeniach Andrzej Waksmundzki był m.in.: przewodniczącym Komisji Chromatograficznej PAN (1978–1980), wiceprzewodniczącym Komitetu Chemii Analitycznej PAN (1978–1980) i Komisji Fizykochemii Powierzchni PAN (1975–1977), wiceprezesem Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Chemicznego (1960–1964); od 1982 – członkiem honorowym PTCh prezesem lubelskiego oddziału PTCh. Był też członkiem: Chromatographic Disscusion Group (Londyn), International Society for Optical Engineering (Londyn), Rady Głównej Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego (1969-76). Przewodniczył Radom Naukowym Instytutu Agrofizyki PAN w Lublinie (1972–1978) i Instytutu Przeróbki Surowców Mineralnych AGH w Krakowie (1975–1977). Był koordynatorem centralnych programów badawczych.
Aktywnie działał w Związku Podhalan.
Odznaczenia Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1955)Uchwała Rady Państwa z dnia 27 września 1955 r.