Początkowo, w myśl opracowanych jeszcze przed wojną planów, NKWD zamierzało wywieźć więźniów w głąb ZSRR. W ostatnich dniach czerwca (Jerzy Węgierski podaje datę 30 czerwca) z miasta wyprowadzono kolumnę liczącą od 1000 do 1200 więźniów i popędzono pieszo na wschód, mordując po drodze każdego, kto próbował uciec lub nie miał siły iść dalej. Część więźniów politycznych enkawudziści zamordowali na miejscu. Źródła podają rozbieżne informacje na temat liczby ofiar. Dokumenty NKWD informują, że w Tarnopolu „ubyło według pierwszej kategorii” 560 więźniów, a podczas konwojowania pieszej kolumny zabito „przy próbie ucieczki” 18 osób. Świadkowie szacowali natomiast, że zamordowano od kilkuset do tysiąca więźniów. Większość ofiar była narodowości ukraińskiej. W gronie zamordowanych znaleźli się także członkowie polskich organizacji konspiracyjnych.
Zajęcie Tarnopola przez Niemców 2 lipca 1941 po południu Tarnopol zajęły oddziały 9 Dywizji Pancernej Wehrmachtu. Dzień później do miasta wkroczyły oddziały dywizji Waffen-SS "Wiking". Część z nich (pododdziały pułku "Nordland") otrzymały zadanie zabezpieczenia miasta;