Aresztowany przez Gestapo, został zamordowany w obozie koncentracyjnym Flossenbürg 15 grudnia 1944 roku.
Jego dziećmi byli: Przemysław (poległ w wojnie obronnej Polski 1939 roku), Leszek (zginął w powstaniu warszawskim), Sława (zm. 2015), Mirosław (zm. 1989) i Wanda (zm. 2010).
W 2011, z inicjatywy Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej Oddział Zamość, rondo przed kościołem Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny w Zamościu otrzymało nazwę „ronda Braci Pomarańskich” dla upamiętnienia trzech braci: Stefana, Zygmunta i Józefa.
Skauting W sierpniu 1911 Stefan Pomarański zorganizował wraz z Alojzym Pawełkiem pierwszą w Warszawie męską drużynę skautów. Działała ona w konspiracji przy polskim prywatnym Gimnazjum Mariana Rychłowskiego na ul. Smolnej Dolnej 4, a jej patronem był Romuald Traugutt; w późniejszym okresie przyjęła nazwę 1 Warszawskiej Drużyny Harcerskiej im. Romualda Traugutta „Czarna Jedynka”.