Zieliński stał się wówczas 57. Polakiem, który wystąpił w Lidze Mistrzów w barwach zagranicznego klubu i czwartym, który zagrał w tych rozgrywkach jako zawodnik klubu z Włoch. 19 października 2016 znalazł się w wyjściowym składzie i rozegrał 82 minuty w meczu fazy grupowej Ligi Mistrzów z Besiktasem (2:3). 2 grudnia 2016 w ligowym meczu z Interem Mediolan, zdobył swoją pierwszą bramkę dla Napoli. W spotkaniu zanotował również asystę przy bramce Marka Hamsika, a mecz zakończył się zwycięstwem Napoli 3:0. W następnej kolejce wpisał się na listę strzelców w spotkaniu z Cagliari (5:0). 7 stycznia 2017 przeciwko Sampdorii, rozegrał swój 100. mecz w Serie A. 15 stycznia asystował przy bramce Hamsika w spotkaniu z Pescarą (3:1). 4 lutego 2017 zaliczył dwie asysty w wygranym 7:1 ligowym meczu z Bolonią. 10 lutego 2017 zdobył bramkę w wygranym 2:0 meczu z Genoą, a w następnej kolejce trafił również w meczu z Chievo Werona (3:1). 9 kwietnia 2017 zanotował asystę przy golu Lorenzo Insigne w meczu z Lazio (3:0). 4 maja ustalając na 5:0 wynik wyjazdowego meczu z Torino zdobył swoją 5 ligową bramkę. Sezon 2016/2017 zakończył rozgrywając 47 meczów, w których zdobył 6 bramek, notując tyle samo asyst. W swoim pierwszym sezonie w Napoli opuścił jedynie dwa spotkania Serie A, występując w 36. ligowych meczach;