Po raz pierwszy LC39 użyto w roku 1967, kiedy wystrzelono rakietę Saturn V niosącą pojazd bezzałogowy Apollo 4. LC39B użyto do misji bezzałogowej Apollo 6, natomiast z LC39A wystartował Apollo 8, drugi załogowy lot programu. Oprócz Apollo 10, który startował z LC39B, wszystkie misje Apollo, od Apollo 8 w grudniu 1968 do Apollo 17 w grudniu 1972 startowały z platformy LC39A.
W roku 1974 zapadła decyzja o skreśleniu platformy LC39A z systemu Apollo-Saturn, po czym została ona przekonfigurowana do zastosowania z promami kosmicznymi. Użyto jej w pierwszej misji promów – starcie Columbii w misji STS-1 w roku 1981. Z zastosowania w systemie Apollo-Saturn LC39B skreślona została w roku 1977, ale ze względu na ograniczenia budżetowe przebudowa ukończona została dopiero w roku 1986. Pierwszym startem z tej platformy była zakończona katastrofą promu Challenger misja STS-51-L. Platforma LC-39B miała być przebudowywana pod rakiety Ares I, jednak wskutek anulowania programu Constellation zdecydowano o przystosowaniu wyrzutni LC-39B na przyjęcie rakiet Space Launch System, zaś firma SpaceX przebudowuje LC-39A na potrzeby rakiet Falcon 9 oraz Falcon Heavy.