Przyczyny katastrofy Raport NTSB jako główną przyczynę katastrofy podał nieprofesjonalne zachowanie pilotów i złamanie procedur. Oprócz samej decyzji dotarcia na pułap 41000 stóp bez uzasadnionej przyczyny, wymieniano również: złe wykonanie samego wznoszenia (błędne ustawienie prędkości wznoszenia, nie zdające egzaminu na wysokości ponad 10000 m), zignorowanie ostrzeżeń o przeciągnięciu, złe zachowanie w czasie sytuacji awaryjnej (piloci powinni byli skontaktować się z kontrolą lotów zaraz po zgaśnięciu silników i zgłosić utratę obu jednostek napędowych; mieli wtedy w zasięgu 4 różne lotniska, na które bez trudu można było dotrzeć lotem szybowym z wysokości ponad 12 km; nie zdając sobie sprawy z powagi sytuacji, kontroler skierował pilotów na najbliższe duże lotnisko w Jefferson City). Były kierownik programu szkoleniowego Pinnacle Airlines stwierdził: To nie do pojęcia, by wyszkolona załoga zachowywała się w taki sposób...