Aresztowanie i proces 1 listopada 1998 Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii w Hadze (ICTY) postawił go oficjalnie w stan oskarżenia m.in. za ludobójstwo, czystki etniczne oraz dwa zabójstwa. Później rozszerzono te zarzuty m.in. o zbrodnie wojenne. 2 grudnia 1998 wiozący Krsticia samochód został wzięty szturmem w czasie wspólnej akcji żołnierzy SAS oraz Navy SEALs. Wywołało to spięcie dyplomatyczne między NATO a Rosją, bowiem zatrzymanie miało miejsce w części Bośni i Hercegowiny przekazanej pod nadzór rosyjskich sił stabilizacyjnych, które nie zostały powiadomione o planowanej akcji. Sam Krstić został niezwłocznie przewieziony do aresztu ICTY w Scheveningen.
Jego proces w pierwszej instancji zakończył się 2 sierpnia 2001 wyrokiem uznającym go za winnego wszystkich zarzucanych mu czynów i skazującym go na 46 lat pozbawienia wolności. W drugiej instancji skład orzekający izby odwoławczej ICTY uniewinnił go od części zarzutów, wskutek czego w wydanym 19 kwietnia 2004 ostatecznym wyroku wymiar kary został zmniejszony do 35 lat więzienia.