Długoletnią współpracę Nissla z Alzheimerem uwieńczyło sześciotomowe dzieło Histologische und histopatologische Arbeiten über die Großhirnrinde, wydawane w latach 1906–1918.
W 1912 roku, jako profesor zwyczajny, został kierownikiem Katedry Psychiatrii Uniwersytetu Wrocławskiego i dyrektorem wrocławskiej kliniki psychiatrycznej (Königlich Psychiatrischen und Nervenklinik).
W 1915 roku gwałtownie podupadł na zdrowiu - cierpiał na dolegliwości związane z sercem, duszności i niewydolność nerek. Zmarł we Wrocławiu 19 grudnia tego samego roku, w wieku 51 lat. Został pochowany u boku żony na Cmentarzu Głównym we Frankfurcie nad Menem (Hauptfriedhof, Frankfurt am Main, Hessen).
Wspomnienia o nim napisali m.in. Spielmeyer, NisslNissl F. Alois Alzheimer †. Deutsche Medizinische Wochenschrift 42 (14), ss. 426-427, 1916 i GauppGaupp R. Alois Alzheimer. Münchener Medizinische Wochenschrift 63, 195-196, 1916. Stulecie odkrycia Alzheimera uhonorowano licznymi publikacjami na temat uczonego, w tym okolicznościową monografią.
Uczniami Alzheimera byli m.in.