Wojska Sebastiana wyruszyły z Asili 29 lipca, skąd następnego dnia dotarli do El-Menary. W szeregach ekspedycji panował chaos, duża ilość armii była niezdyscyplinowana i niewytrenowana, brakowało wykwalifikowanych żołnierzy, a dowodzący armią nie wykazywali zdolności bojowych. 2 sierpnia wymęczona wyprawa dotarła do rzeki Mekhazen. Sebastian zadecydował o przeprawieniu się przez bród rzeki, oddalony okoły 3 mile od miejsca postoju armii. Okazało się, że bród był za wąski dla tak dużej armii, więc przeprawa trwała cały dzień, a do pomocy trzeba było użyć saperów.
Sułtan Maroka objął swoimi armiami korzystną pozycję, około 12 mil za Alcácer-Quibir. Wojska Maroka liczyły razem około 44 tysiące ludzi – w tym około 25 tysięcy jeźdźców konnych.
Bitwa rozegrała się 4 sierpnia 1578 roku. W początkowych fazach bitwy umarł władca sułtan Maroka – Abu Marwan Abd al-Malik I z powodu choroby. Następnie zginął pretendent do tronu wspierany przez Portugalię – Abu Abdullah Muhammad II poprzez utonięcie. Władca Portugalii również zginął podczas walk, a bitwę ostatecznie wojska Maroka.