Szczególnie to ostatnie było bulwersujące, bo zaczęło być wykorzystywane przez pedofilów.
W odpowiedzi na krytykę raportu, Paul Gebhard, kolejny dyrektor Kinsey Institute for Sex Research, spędził rok usuwając dane pochodzące od niepewnych źródeł, tj. więźniów, męskich prostytutek.
Podważenie naukowości badań Kinseya Osobiste aspekty tych badań po latach przeanalizował James H. Jones, biograf Kinseya. W 1990 roku, 50 lat od opublikowania badań Judith A. Reisman, oskarżyła go o manipulacjeReisman Judith A., Eichel Edward, w: Kinsey – seks i oszustwo, wyd. „Antyk”, Warszawa 2002.. Jej analiza została z kolei skrytykowana przez seksologów (np. Johna Bancrofta) oraz organizacje społeczne (np. Southern Poverty Law Center) jako nieobiektywne.
Wyniki badań Orientacja seksualna Największe kontrowersje wywołały doniesienia Raportów Kinseya na temat homoseksualizmu, potwierdzające teorię, że około 10% mężczyzn to geje.