Życiorys Mochitsura Hashimoto urodził się w roku 1909 w Kioto jako ósme z dziewięciorga dzieci i piąty syn kannushiego, kapłana shintō. W szkole średniej uczył się dobrze. Był postrzegany jako młodzieniec opanowany i godny szacunku. Na życzenie ojca miał wstąpić do marynarki wojennej. Rodzina nie miała morskich tradycji, ale ojciec Hashimoto uważał, że kariera wojskowa wyjdzie im wszystkim na dobre. Jeden ze starszych braci Hashimoto ukończył uczelnię wojskową i służył w armii japońskiej. Hashimoto ukończył szkołę średnią w roku 1927 i został przyjęty do Akademii Marynarki, gdzie przez cztery lata studiował historię, inżynierię i taktykę morską, a także judo i inne sporty walki. W roku 1931 ukończył Akademię i otrzymał pierwszy stopień wojskowy.
W roku 1937 ożenił się z Nobuko Miki, córką zamożnego przedsiębiorcy z Osaki. Mieli trzech synów: Michihiro (ur. 1940), Nobutake (ur. 1942) i Tomoyuki (ur. 1944).