Hashimoto został wkrótce skierowany − celem przygotowania do objęcia dowództwa własnego okrętu − na wyższy kurs w Szkole Broni Podwodnej. Po ukończeniu kursu w lipcu 1942 roku objął dowodzenie okrętu podwodnego obrony wybrzeża Ro-31. Do końca tego roku okręt Hashimoto patrolował wody przybrzeżne na wysokości miasta Yokosuka szkoląc załogę, testując nowe wyposażenie i prowadząc badania nad nową doktryną japońskiej wojny podwodnej. W roku 1943 został dowódcą I-158, a nieco później Ro-44.
Dowódca I-58 W maju 1944 roku Hashimoto otrzymał awans na komandora porucznika i mianowany dowódcą nowego okrętu I-58, który nie wyszedł jeszcze ze stoczni w Sasebo. Nowy dowódca nadzorował prace wykończeniowe i wyposażeniowe I-58. Okręt został przystosowany do przenoszenia torped typu Kaiten, co załoga Hashimoto uznała za wielki honor. I-58 został oddany do służby 13 września, po czym odbył szereg rejsów próbnych i szkolnych. Po ukończeniu ćwiczeń, w grudniu okręt skierował się do Kure celem uzbrojenia i pobrania zapasów. Stamtąd udał się do Hirao, gdzie załadowano sześć kaitenów.