Zasiedlenia Tel Arad i górnej cytadeli nie zakończyło oblężenie babilońskie. Z okresu perskiego (V–IV wiek p.n.e.) pochodzi prawie sto ostrakonów i ceramiki napisanej w języku aramejskim, dotyczącej głównie rachunków mieszkańców, którzy przywozili oliwki, wino, pszenicę i inne produkty na górne wzgórze.
Tak więc kolejne cytadele budowano jedna na drugiej dzięki czemu istniała ona w okresie hellenistycznym i rzymskim. Herod nawet zrekonstruował dolne miasto by wypiekać w nim chleb na potrzeby cytadeli. Miejsce istniało aż do czasu gdy Rzymianie zniszczyli Jerozolimę i ostatecznie wygnali „obrzezanych” w roku 135 n.e. po upadku powstania Bar-Kochby. Tel Arad pozostawało ruiną przez 500 lat aż w okresie islamskim dawna rzymska cytadela została odbudowana i przebudowana przez nieznany zamożny klan z tego terenu i funkcjonowała przez 200 lat do około 861 roku n.e. gdy nastąpił podział władzy oraz okres powszechnych rozruchów i buntu. Cytadela została ostatecznie zniszczona i już więcej nie powstały konstrukcje budowlane w tym miejscu.