W 2000 Shiny Entertainment opublikowało dwie gry z różnych gatunków: grę akcji 3D Messiah i grę RTS 3D Sacrifice. Żadna z nich nie odniosła takiego sukcesu jak poprzednie produkcje. Messiah była postrzegana przez profesjonalnych recenzentów jako zbyt wcześnie wydana i mająca problemy techniczne. Sacrifice była dobrze przyjęta przez krytyków, lecz nie odniosła komercyjnego sukcesu.
Przejęcie przez Infogrames W 2002 firma Shiny została kupiona przez Infogrames, które później zmieniło nazwę na Atari, za 47 milionów dolarów. Wraz z firmą Infogrames kupiło projekt Enter the Matrix. Pomimo oziębłości krytyków, Enter the Matrix było komercyjnym sukcesem. Shiny stworzyło kolejną grę bazującą na tej samej licencji, The Matrix: Path of Neo, którą wydano w 2005. Ponownie spotkała się z oziębłością krytyków, lecz była tak wielkim sukcesem jak poprzednia.
Perry rozpoczął prace nad nowym projektem Earthworm Jim na PlayStation Portable i nową grą walki zatytułowaną Age of Elements. Na E3 2006Q&A: Dave Perry's shiny new gig, Gamespot, 17 maja 2006, żadna z nich nie była skończona.