Kilkakrotnie, jednak bez większych sukcesów, brał udział w Lidze Mistrzów CONCACAF.

W styczniu 2012 Flores był testowany w kilku klubach skandynawskich; ostatecznie został wypożyczony na okres dwunastu miesięcy do duńskiego drugoligowca Viborg FF. Tam z powodu kontuzji zdołał rozegrać tylko jedno spotkanie, a po upływie roku powrócił do Isidro Metapán.

Kariera reprezentacyjna W 2007 roku Flores został powołany do reprezentacji Salwadoru U-17 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Północnej, gdzie zdobył bramkę w spotkaniu z Meksykiem (2:2), zaś jego zespół zajął ostatnie miejsce w grupie, nie kwalifikując się na Mistrzostwa Świata U-17 w Korei Południowej. W 2009 roku wystąpił w trzech spotkaniach reprezentacji Salwadoru U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Północnej, gdzie strzelił gola w meczu z Hondurasem (2:2), a jego ekipa odpadła z turnieju już w fazie grupowej. W 2010 roku znalazł się w składzie reprezentacji Salwadoru U-23 na Igrzyska Ameryki Środkowej i Karaibów. Wystąpił wówczas w dwóch meczach rundy kwalifikacyjnej, ani razu nie wpisując się na listę strzelców i pełnił rolę podstawowego gracza. Właściwy turniej piłkarski nie odbył się jednak z powodu sprzeciwu CONCACAF. W 2012 roku brał udział w turnieju kwalifikacyjnym do Igrzysk Olimpijskich w Londynie, wcześniej notując występy w eliminacjach do niego.