Kościół Świętego Mikołaja w Łabiszynie – jeden z dwóch kościołów rzymskokatolickich w Łabiszynie, w powiecie żnińskim, w województwie kujawsko-pomorskim. Mieści się na wzgórzu położonym na wschód od centrum miasta na prawym brzegu Noteci, w miejscu rozwidlenia dróg prowadzących do Barcina (ul. Barcińska) i Złotnik Kujawskich (ul. Cmentarna). Należy do dekanatu Łabiszyn. Do kościoła od północy przylega dawny klasztor reformatów, natomiast na wschód i północny wschód od niego, wzdłuż ulicy Cmentarnej, leży cmentarz parafialny.
Historia mały|lewo|Ołtarz główny W miejscu obecnego kościoła już w XII w. istniał drewniany kościół św. Tomasza, co potwierdziły badania archeologiczne z 2012 r. Kościół ten w 1597 roku został zburzony i na jego miejscu zbudowano drewniany zbór kalwiński. Po roku świątynia już nie pełniła swojej funkcji. W 1627 roku właściciel Łabiszyna Jan Opaliński sprowadził do miasta franciszkanów-reformatów. Ufundował dla nich drewniany zespół klasztorny na miejscu dawnego zboru. W dniu 23 kwietnia 1630 roku świątynia została konsekrowana przez biskupa margertyńskiego i sufragana włocławskiego, Baltazara Miaskowskiego. W czasie tej uroczystości w ołtarzu głównym zostały umieszczone relikwie św. Antyma. Patronem konwentu został św. Tomasz.