Jego nazwisko utrwaliło się w nomenklaturze anatomicznej w czterech terminach: Przepuklina Cloqueta – przepuklina kanału udowego Przegroda Cloqueta – błoniasta struktura ograniczająca pierścień u podstawy kanału udowego Gruczoł Cloqueta – małe węzły chłonne w kanale udowym Kanał Cloqueta – pozostałość embrionalnej tętnicy szklistej w gałce ocznej
Chirurgia w znieczuleniu hipnotycznym 12 kwietnia 1829 roku Jules Germain Cloquet przeprowadził we Francji pierwszą udokumentowaną operację chirurgiczną w znieczuleniu hipnotycznym (magnetyzm), usuwając guz piersi 64-letniej pacjentce. Operacja trwała 10–12 minut, podczas której pacjentka nie wykazywała oznak dyskomfortu. Pozostawała w stanie mesmerycznym przez dwa dni, a po przebudzeniu nie miała żadnych wspomnień z operacji.
Twórczość artystyczna i dydaktyczna Cloquet był utalentowanym artystą, co znalazło odzwierciedlenie w jego najsłynniejszym dziele Anatomie de l’homme (Anatomia człowieka), w którym ponad 500 z około 1300 ilustracji sporządził osobiście. To monumentalne dzieło pięciotomowe zajęło prawie dziesięć lat na ukończenie (1821-1831).