Układ ogrodu Dzisiejsza kolekcja botaniczna podzielona jest na cztery tarasy, których powierzchnie maleją wraz z wysokością. Kolekcja okazów żywych obejmuje 1 500 drzew i ok. 90 000 innych roślin.
Terraza de los Cuadros – kolekcja roślin ozdobnych, leczniczych, aromatycznych, endemicznych, warzywniak. Rośliny zorganizowane są w kwadratowych rabatach (hiszp. cuadros) wokół centralnej fontanny. W rogu południowo-zachodnim znajduje się ogród japoński. Ogół założenia tarasu opiera się na pierwotnym projekcie z końca XVIII w. Terraza de las Escuelas Botánicas – uporządkowana filogenetycznie kolekcja roślin, ozdobiona dodatkowo dwunastoma fontannami. Ogół założenia tarasu opiera się na pierwotnym projekcie z końca XVIII w. Terraza del Plano de la Flor – zróżnicowana kolekcja krzewów i drzew, zorganizowana w formie romantycznego ogrodu angielskiego. Stan ten zachowuje rearanżację oryginalnego planu tarasu podczas przebudowy ogrodu w poł. XIX w. W przeciwieństwie do dwóch poprzednich tarasów, Terraza del Plano de la Flor, stanowi wartość wyłącznie estetyczną. W tej części ogrodu znajduje się Pawilon Villanuevy, zbudowany w 1781 r. jako szklarnia (dziś galeria wystaw czasowych), oraz staw z popiersiem Linneusza. Terraza alta/Terraza de los Laureles – najwyższy i najmniejszy z tarasów, dodany jako rozszerzenie ogrodu w 2005 r.