W 1939 przeprowadził przewód doktorski, przedstawiając rozprawę Reformistyczna i misyjna działalność Welamina Rutskiego. W promocji przeszkodził wybuch II wojny światowej. Doktorat otrzymał dopiero w 1941 na tajnym uniwersytecie lwowskim, na którym był wykładowcą w roku akademickim 1941/1942, zastępując profesora Edmunda Bulandę. W latach 1942–1944 organizował tajne nauczanie we Lwowie i sam również udzielał lekcji na kompletach. Po zakończeniu wojny został wysiedlony ze Lwowa w akcji ekspatriacyjnej Polaków.
W latach 1945–1950 pracował jako przełożony i wykładowca seminarium duchownego w Kalwarii Zebrzydowskiej. Od września 1950 pracował na Wydziale Teologii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Był jego dziekanem od października do listopada 1956, kiedy został wybrany rektorem KUL-u. W tym samym roku został również profesorem nadzwyczajnym. Rektorem był do 1965. W 1958 został doktorem honoris causa Uniwersytetu Katolickiego w Lille za zasługi w badaniach nad historią Kościoła. W 1967 został profesorem zwyczajnym.