W styczniu 2012 wraz z Lizzy członkinią żeńskiej grupy pop After School, Lee Joon wziął udział w wydaniu specjalnym programu MBC Lunar New Year Pit-a-Pat Shake!. Jest to spin off popularnego koreańskiego programu We Got Married. We wrześniu 2012 Lee Joon i aktorka Oh Yeon-seo zostali parą w regularnej już edycji popularnego programu We Got Married, polegającego na tworzeniu fikcyjnej pary małżeńskiej. Po pół roku para opuściła program przed zakończeniem serii, a oficjalnym powodem był konflikt grafików obu gwiazdGot Married’ makes their decision about Oh Yeon Seo-Lee Joon couple이준 소속사측 "이준 글 맞다..소속사 잘못".
We wrześniu 2012 Lee Joon został wybrany do obsady IRIS 2, sequela popularnej na całym świecie koreańskiej dramy akcji Irys. W listopadzie 2012 został wybrany jako odtwórca głównej roli – aktora osiągającego popularność i spadającego na dno – w filmie produkowanym przez Kim Ki-duka Rough PlayDirector for ‘An Actor is an Actor’ reveals why MBLAQ’s Lee Joon was selected for the leading role.