W połowie 2011 roku João Carlos podpisał trzyletni kontrakt z Anży Machaczkała. W rosyjskiej Priemjer-Lidze swój debiut zanotował 27 maja 2011 w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z Lokomotiwem Moskwa. 22 sierpnia 2013 roku podpisał kontrakt ze Spartakiem Moskwa. W 2015 odszedł do Vasco da Gama, a w 2016 przeszedł do KSC Lokeren. Następnie grał w Al-Jazira, a 6 listopada 2017 roku przeszedł do klubu Madureira.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2001 CR Vasco da Gama
Série A 13 0 2002 CR Vasco da Gama
Série A 0 0 2002/03 CSKA Sofia
A PFG 26 1 2003/04 CSKA Sofia
A PFG 20 3 2004/05 KSC Lokeren
Eerste klasse A 30 1 2005/06 KSC Lokeren
Eerste klasse A 24 2 2006/07 KSC Lokeren
Eerste klasse A 28 2 2007/08 KSC Lokeren
Eerste klasse A 32 3 2008/09 KRC Genk
Eerste klasse A 31 7 2009/10 KRC Genk
Eerste klasse A 20 1 2010/11 KRC Genk
Eerste klasse A 20 2 2011/12 Anży Machaczkała
Priemjer-Liga 26 1 2012/13 Anży Machaczkała
Priemjer-Liga 25 2 2013/14 Anży Machaczkała
Priemjer-Liga 4 0 2013/14 Spartak Moskwa
Priemjer-Liga 15 0 2014/15 Spartak Moskwa
Priemjer-Liga 15 1 2015 CR Vasco da Gama
Série A 0 0 2015/16 KSC Lokeren
Eerste klasse A 10 0 2016/17 KSC Lokeren
Eerste klasse A 5 0 2016/17 Al-Jazira Club