Puella Magi Madoka Magica: Wraith Arc , została napisana i zilustrowana przez Hanokage, kolejne rozdziały pojawiały się od 20. numeru Manga Time Kirara Magica, wydanego 10 czerwca 2015 roku. Fabuła komiksu rozgrywa się pomiędzy dwoma filmami pełnometrażowymi: Puella Magi Madoka Magica the Movie: Eternal oraz Puella Magi Madoka Magica the Movie: Rebellion. Pojedynczy tankōbon wydano 12 grudnia 2015 roku.
Puella Magi Tart Magica: The Legend of Jeanne d'Arc Powstał także spin-off . Manga ta została zilustrowana przez Masugitsune/Kawazu-ku i publikowana w czasopiśmie Manga Time Kirara Forward. Fabuła przedstawia losy żyjącej w XV wieku Joanny d’Arc, bohaterki wojny stuletniej i świętej kościoła katolickiego. Tankōbony zostały wydane przez wydawnictwo Hōbunsha. Pierwszy został wydany 12 czerwca 2014 roku, ostatni, piąty, został wydany 12 kwietnia 2017 roku.
Inne Pierwszy tom oficjalnej antologii przedstawiający gościnnie artystów został wydany 12 września 2011 roku. Miesięcznik wydawany przez Hōbunsha, , został wprowadzony na rynek 8 czerwca 2012 roku i zawiera różne mangowe historie.