Kwestia szlacheckiego pochodzenia Smotryckiego była za jego życia przedmiotem gwałtownych polemik. Przeciwnicy duchownego, najpierw unici, a po jego konwersji – prawosławni, zarzucali mu, iż był synem plebejusza. Sam Smotrycki wypowiadał się na ten temat bardzo ostrożnie, sugerując jedynie uczciwe urodzenie i szlachecką poważność swojego ojca. W ocenie Fricka nawet jeśli Herasym Smotrycki faktycznie był szlachcicem, musiałby sam być uszlachconym, trudno bowiem przypisywać takie pochodzenie jego ojcu, diakonowi Danile. Nie ulega przy tym wątpliwości przeciętna sytuacja majątkowa Smotryckich; Herasym utrzymywał się z pracy na dworze Ostrogskiego, zaś edukacja przyszłego biskupa Melecjusza była możliwa dzięki finansowemu wsparciu Ostrogskich.
Edukacja Większość informacji o wykształceniu uzyskanym przez przyszłego biskupa pochodzi z jego żywota autorstwa Jakuba Suszy. Podaje on, iż Smotrycki uczył się początkowo w prawosławnej szkole w Ostrogu, następnie zaś został skierowany, dzięki pomocy księcia Ostrogskiego, do kolegium jezuickiego w Wilnie. Opuścił je po trzech latach i razem z Bohdanem Sołomereckim (którego uczył łaciny) udał się do Niemiec. Tam uczył się na protestanckich uczelniach we Wrocławiu, Lipsku i Norymberdze. Sam Smotrycki, pisząc o swojej nauce w Niemczech, wymieniał jedynie studia w Wittenberdze i Lipsku.